科学が主観を排除した客観的世界が実在すると定義するならば、ホロニカル心理学の立場は実在の捉え方が異なります。科学的に定義された客観的世界は、ホロニカル心理学的には、外我が内在するホロニカル主体(理)である科学的知識によって再構成された抽象的概念的世界であり、私たちが普段実感している実在する世界とは異なります。
ホロニカル心理学が実在と考えているのは直接体験です。しかも、主観と客観が対立することになる以前の直接体験が真の実在と考えています。大乗起信論でいう「真如」に相当します。
直接体験（真の実在）においては、主客の識別なき「離言真如」と、重々無尽に識別されて再構成される「依言真如」の世界が非同非異に両立していると考えています。