自己の自己組織化について考える際、自己を客観的に観察対象として研究すれば、自己という物理的学的現象を外から観察した時の論理を得ることができます。しかし、自己は単なる物理学的現象ではなく、非物理学的現象でもあります。自己は物理現象として客観的な観察対象になりますが、同時に主観的な存在でもあることを忘れてはいけません。
観察対象としての自己を観察しようとする主観的存在としての自己は、観察主体にはなり得ても、観察対象にはなりません。主観的なものは客観的には観察できないのです。ここにおいて、主体的存在としての自己については、現象を外側から観察することなく、自己言及的・自己再帰的に実感・自覚的に了解するしかないのです。自己の自己組織化については、外側からのみならず、内側からの研究が必要になります。命の働きとしての自己を客観的に研究することは可能ですが、命の働きとしての自己を実感・自覚するためには、物理科学的な研究だけでは不十分です。
このような二方向からの自己組織化の研究方法をホロニカル心理学的に記述すると、主観となる観察主体と客観となる観察対象との不一致・一致を含む、自己による自己自身の直接体験の実感・自覚の研究となります。