心理学が、人間のもつ主体性や自由意志の働きを積極的に認めるのか、それとも主体性や自由意志などは、物質（脳や身体）の特性、文化・歴史、世界、神によって基本的に受動的に決定されているものと考えるかで、まったく異なる心理学になります。同じように心身の捉え方、精神と物質の捉え方に関する基本的パラダイムの差異は心理学の大きな差異につながります。
ホロニカル心理学は、汎心論でもなければ、唯物論的な物質還元主義の立場でもありません。身心一如的な自己そのものに、人間の主体性や自由意志があり、主体性や自由意志こそが“こころ”の働きであるとする哲学・思想の潮流が基盤にあります。