心理学で表層意識に対して深層意識という時の無意識とは、脳科学的には、人間において高度に発達した大脳皮質による理性的な思考の基盤となっている身体感覚的活動や情動活動を含むは虫類や旧哺乳類の脳の働きとの密接な関係をもっていると考えられます。こうした脳を含む肉体との密接な関係を考慮しない心理学は、精神と物質の二元論的な心理主義の落とし穴に陥ることになります。
といって深層意識をすべて物質的な活動に還元したとしても、そうした物理的現象の説明用語でもって、複雑な深層意識の特性を説明することはできないとホロニカル心理学では考えます。